מידע הקורס

תכני הקורס: בעקבות מהפכת המידע וההאצה האקספוננציאלית בכמויות ונגישות המידע הגנומי, שאלות מהותיות שלפני שנים מועטות נראו כבלתי ניתנות לפתרון, קיבלו דחיפה משמעותית וניצבות היום בחזית העולם המדעי והתעשייתי. במקביל עלו בעיות חישוביות חדשות הנוגעות לעיבוד יעיל של אותו מידע לצורך פתרון אותן שאלות מרכזיות. בפרט, מגפת הקורונה, החזירה לראש סדר היום שיטות אלגוריתמיות קלאסיות באבולוציה.
הקורס עוסק בנושאים אלגוריתמיים ושיטות העולות מבעיות בגנומיקה השוואתית העוסקות בניתוח רצפים ביולוגיים מולקולאריים. צורת הגישה אל החומר תהיה אלגוריתמית, משמע ילמדו ההיבטים החישוביים של הבעיות השונות (סיבוכיות, קירובים, יוריסטיקות ואפליקציות), אך דרך שיטות אלו יחשפו נושאי ליבה אקטואליים בגנומיקה. הנושאים השונים שילמדו יכללו: תכנון דינאמי, ישור רצפים (sequence Alignment), הסקת מרחקים גנומיים, מודלים של התפתחות רצפים, בניית עצים פילוגנטיים, יישוב עץ גנים בעץ המינים (Gene tree/species tree reconciliation), סידור גנומי (genome rearrangement), חיזוי וקיפול רנא ( RNA folding), אבולוציה של וירוסים.